Depuis son départ de Genève, à la fin septembre 1561, Viret n’a plus rien publié. Très peu de traités ont connu une réimpression, mais hors de son contrôle (1562 Brief Sommaire relié avec 1562 Le sommaire et peut-être 1562 Du vray usage salutation). Il est possible qu’il ait autorisé Jean Martin de Lyon à faire imprimer sa trilogie catéchétique lors de son passage au début du mois d’octobre 1561 (1562 Exposition familiere Catechisme relié avec 1562 Brief Sommaire et 1562 Sommaire).

Viret arrive à Lyon à la mi-juin 1562. Nous sommes en pleine guerre de religion, la ville est entre les mains des protestants depuis six semaines. Sur le plan littéraire, dans un premier temps, il se contente d’attaquer la messe, comme il l’a fait quand il était à Genève. On le voit donc proposer un tiré à part de deux chapitres d’une œuvre qu’il avait écrite à Lausanne : 1554 Des actes. Ce sont les fameuses Cauteles et canons de la messe qui connaîtront un certain succès. Elles seront éditées une première fois en 1563 puis à deux reprises en 1564, chaque fois pour Claude Ravot.

En mai 1563, Viret se rend une dernière fois à Genève pour régler quelques affaires privées et prendre congé du Sénat. Ce voyage lui donne l’occasion de mandater le Genevois Rivery pour l’impression des deux premiers tomes de son œuvre monumentale : l’Instruction chrétienne et l’Exposition de la doctrine de la Foy. Ils viendront à point nommé pour édifier l’Église lyonnaise et prévenir quelques déviances (épicuriens, athéistes, déistes, anabaptistes).

Mais des événements inattendus vont changer la donne. La paix d’Amboise est signée le 19 mars 1563. Viret entre dans une nouvelle phase de son ministère, avec un défi de taille : assurer la coexistence des deux religions dans une même ville, ce qui était totalement impensable quelques mois auparavant. Très vite, il deviendra l’un des ténors de la défense des idées protestantes face aux Jésuites. Comme l’affaire ne pouvait être réglée par une dispute publique, dès 1564, il doit donc mener son combat en grande partie par écrit.

Auger avait publié son Catéchisme et Sommaire en 1563 pour tenter de stopper les progrès de la Réformation. De son côté, la même année, Possevin publie son Trattato del santissimo sacrificio dell’altare detto Messa. Viret voit immédiatement le danger. Mais plutôt que de répondre directement à Auger et Possevin, il décide d’exposer les points où catholiques romains et protestants ne sont pas d’accord. Il lui faudra trois livres !

C’est Claude Senneton qui prend en charge l’impression d’un premier traité de 300 pages : De l’authorite et perfection de la doctrine des sainctes Escritures. L’épître date du 9 avril 1564.

Il divise son traité en trois livres :

Le premier livre traite des Saintes Écritures, leur but, leur autorité et leur utilité. Le Christ est la Parole vivante de Dieu. Il expose ce qu’est la vraie Église.

Le deuxième livre traite du ministère, des vrais et des faux pasteurs, ce livre sera publié séparément dans 1564 Traité des vrais.

Le troisième livre montre essentiellement par quel moyen on peut différencier les vrais des faux pasteurs. Il contient par ailleurs plusieurs thèmes généraux tels les rapports entre la loi et la foi, la liberté chrétienne, et l’autorité des apôtres du Christ.

L’épître du deuxième traité est signée trois jours après, le 12 avril : Des clefs de l’Eglise. Pour gagner du temps, le travail sera confié à un imprimeur à Genève. Il s’agit de la suite de 1564 De l’authorite. La plus grande partie des idées sera reprise dans 1565 De l’estat.

Il faudra attendre l’année suivante pour avoir une réaction écrite d’Auger qui publiera sa Response a une epistre liminaire de Pierre Viret.

Faute de temps, Viret doit à nouveau puiser dans ses anciennes publications. Toujours en 1564, à côté du traité des Cauteles qui touche à la messe, Ravot proposera une publication sur les autres sacrements. Il s’agit aussi d’un extrait, mais cette fois d’un livre de 1560, Du vray ministere, que Viret retravaillera légèrement et qu’il baptisera Le Manuel, ou Instruction des Curez.

Quant à Jean Saugrain, il édite à son tour un tiré à part, mais cette fois du dixième dialogue de l’Exposition familiere de l’oraison, dont le titre est De l’Institution des heures canoniques.

En 1565, Viret ne chôme pas. Le 5 avril, il signe le troisième titre de sa réaction contre l’effort des Jésuites, chez Senneton : De l’estat ... tant de la vraye que de la fausse Eglise.

Il peut alors s’attaquer à une lettre reçue le 7 mars, à laquelle il répond avant la fin avril par un traité : Response aux questions proposees par Jean Ropitel.

Il propose ensuite ce qui sera certainement son exposé le plus clair sur les différences entre la messe catholique et la cène protestante : Des principaux poincts ... touchant la saincte Cene.

On évoque souvent les problèmes rencontrés avec les catholiques romains. Mais il existe des problèmes au sein même de la communauté protestante, du fait d’une longue tradition d’ouverture aux idées nouvelles. Ce sont ces idées nouvelles qui ont permis au protestantisme de s’implanter, mais certaines de ces idées ne plaisent guère à Viret. Par exemple, au cours du mois d’avril 1565, Viret se trouve confronté aux deux docteurs Bauhin, père et fils. Amis de Castellion, ils prêchent la doctrine de l’élection universelle. Viret avait en tête de rédiger le troisième volume de son Instruction chrestienne, l’occasion lui est donnée d’en éditer une première partie, encore chez Senneton : De la Providence divine, touchant tous les estats du monde. Comme on l’a vu précédemment, ce texte a vu le jour à Genève avec 1559 Familiere instruction, repris dans 1560 Première partie et 1560 Seconde partie (voir plus haut §7).

Dans ses écrits lyonnais, Viret rappelle que de se faire la guerre n’est pas une solution. C’est surtout dans 1565 L’Interim qu’on voit clairement sa pensée durant cette période de 1564-65. Deux mots peuvent résumer l’approche de Viret durant cette période : Prudence et modération. Il s’engage pour que la Réformation l’emporte, mais face à ses coreligionnaires prêts à mettre à feu et à sang tout le Royaume, il lance un appel à la sagesse. Il ne s’agit pas d’être naïf, mais de choisir le plus sûr chemin vers la victoire.

• 1563 Les Cauteles = Pierre Viret, Les Cauteles et canons de la messe (Lyon : Claude Ravot, 1563), in-8°, 198, [1, 1 bl.] pp., il s’agit de la reprise des livres 9 et 10 de 1554 Des actes. Réimprimé en 1564 pour Claude Ravot et Jean Martin : In-16°, 355, [12, 1 bl.] pp. Idem pour Claude Ravot : In-8°, 198, [10] pp. Traduction néerlandaise : De Cautelen (dat is te segghen de waerschouwinghe ofte onderwijfinghe) met het Canon ende Ceremonien van der Misse (Londres : [H. Bynneman], 1568), in-8°, 154, [6] ff. Traduction anglaise : The Cauteles, Canon, and Ceremonies, of the most blasphemous, abhominable, and monstrous Popish Masse (Londres : Thomas Vautrollier pour Andrew Maunfell, 1584), in-8°, [8], 256 pp. Réimpression de l’édition française en 1605 à Leyde : In-16°, 355, [12, 1 bl.] pp.

• 1564 De l’authorite = Pierre Viret, De l’authorite et perfection de la doctrine des sainctes Escritures, & du Ministere d’icelle (Lyon : Claude Senneton, 1564), in-8°, [32], 299, [5 bl.] pp. Réédition de la deuxième partie : 1564 Traité des vrais = Pierre Viret, Traité des vrais et faux pasteurs, et de leurs disciples ([Orléans] : [Éloi Gibier], 1564), in-8°, 78, [2 bl.] pp. Nouvelle impression en 1607 à La Rochelle par les Héritiers H. Haultin : In-8°, 76, [4] pp.

• 1564 De l’Institution = Pierre Viret, De l’Institution des heures canoniques, & des temps determinez aux prieres des Chrestiens (Lyon : Jean Saugrain, 1564), in-8°, 75, [3, 2 bl.] pp. Réimprimé la même année à Orléans chez Éloi Gibier : In-8°, 91, [5] pp. Reprend le dixième chapitre de 1558 Exposition de l’oraison.

• 1564 Des clefs = Pierre Viret, Des clefs de l’Eglise, et de l’administration de la parole de Dieu, et des Sacremens (Genève : Jean Rivery, 1564), in-8°, [15, 1 bl.], 380, [4 bl.] pp. Réimprimé la même année à Orléans chez Éloi Gibier : In-8°, [16], 408 pp. Même édition en 1565 avec page de titre rafraichie.

• 1564 Instruction = Pierre Viret, Instruction Chrestienne en la doctrine de la loy et de l’Evangile (Genève : Jean Rivery, 1564), in-2°, [16], 674, [2 bl.] pp. Reprend 1559 Sommaire, 1559 Brief sommaire, 1562 Exposition familiere catechisme, puis 1551 Du devoir et 1554 Exposition familiere dix dans leur édition de 1559 Instruction. Traduction anglaise de Sommaire, Brief sommaire, Exposition familiere catechisme et premier dialogue de Exposition familiere dix : A Christian Instruction, conteyning the law and the Gospell (Londres : Abraham Veale, 1573), in-8°, [8], [536] (numérotées 1-400, 403-538) pp.

• 1564 Exposition doctrine = Pierre Viret, Exposition de la doctrine de la foy chrestienne, touchant la vraye cognoissance & le vray service de Dieu (Genève : Jean Rivery, 1564), in-2°, [20], 903, [1 bl.] pp. Reprend la première partie de 1560 Exposition familiere Symbole (voir plus haut §2).

• 1564 Le Manuel = [Pierre Viret], Le Manuel, ou Instruction des Curez & Vicaires de l’Eglise Romaine (Lyon : Claude Ravot, 1564), in-8°, [8], 216 pp. Reprend des matériaux de 1560 Du vray ministere, en l’augmentant en plusieurs lieux.

• 1565 De l’estat = Pierre Viret, De l’estat, de la conference, de l’authorite, puissance, prescription & succession tant de la vraye que de la fausse Eglise (Lyon : Claude Senneton, 1565), in-8°, [32], [925] (numérotées 1-144, 147-927), [1], [2 bl.] pp.

• 1565 De la Providence = Pierre Viret, De la Providence divine, touchant tous les estats du monde (Lyon : Claude Senneton, 1565), in-8°, [16], 803, [1 bl.] pp. Traduction néerlandaise : Van de Godlicke Voorsichticheyt, Aenaende alle de staten des Werelts (Leyde : Ch. Guyot pour L. Jacobsz, 1600), in-8°, 783, [1 bl.] pp.

• 1565 Des principaux = Pierre Viret, Des principaux poincts qui sont aujourd’huy en different, touchant la saincte Cene de Jesus Christ (Lyon : Claude Senneton, 1565), in-8°, [20], 310, [2] pp. Réimprimé en 1566 par Claude de Huchin pour Claude Senneton : In-8°, 301 pp. Traduction anglaise : The principal points which are at this daye in controversie, concerning the holy Supper, and of the Masse (Londres : Christopher Barker, 1579), in-8°, [1 bl., 103] ff.

• 1565 L’Interim = Pierre Viret, L’Interim, fait par dialogues (Lyon : [Claude Senneton], 1565), in-8°, [36], 461, [1, 2 bl.] pp.

• 1565 Response = Pierre Viret, Response aux questions proposées par Jean Ropitel Minime aux Ministres de l’Eglise Reformée de Lyon (Lyon : [Claude Senneton], 1565), in-8°, 174, [2 bl.] pp. Ce livre connaîtra deux autres impression chez Senneton : In-8°, 216 pp. et in-8°, 172, [4 bl.] pp. Imprimé la même année à Genève chez Jean Bonnefoy : In-8°, 191, [1 bl.] pp.