La question de la forme que prend la présence du Christ dans l’Eucharistie a été, dès les débuts de la Réformation, un sujet de discorde. Les réformateurs se sont clairement distancés de la transsubstantiation prônée par l’Église catholique romaine. Luther affirme que le pain et le vin ne changent pas de substance tout en étant pleinement chair et sang de Jésus-Christ. Pour lui, la présence du Christ dans l’eucharistie est réelle et non pas figurative ou symbolique. À l’autre extrême se trouve Zwingli qui ne voit qu’une commémoration symbolique du dernier repas du Christ avec ses disciples, il n’est pas corporellement présent dans les éléments. Du côté de Viret et Calvin, on nuance les choses, pour eux, la présence du Christ n’est ni réelle ni symbolique, mais spirituelle.

En août 1547, Sulzer demande à Viret d’exposer sa pensée sur l’usage et l’efficacité du ministère des sacrements. À la fin de l’année 1547, des copies de 1548 De la vertu, probablement manuscrites, circulent. Finalement, en 1548, une vive controverse sur cette question voit le jour entre les réformateurs romands et leurs homologues alémaniques. C’est à ce moment-là, en juillet, que 1548 De la vertu sort de presse. Cet important ouvrage ne laisse aucun doute sur les positions de Viret quant au ministère et à la Cène. André Zébédée tire dix-huit paragraphes du livre de Viret, les traduit en latin et les envoie à Berne pour examen. Du fait que Viret n’adopte pas les thèses zwingliennes, il se trouve accusé de luthéranisme.

• 1548 De la vertu = Pierre Viret, De la vertu, et usage du ministere de la parolle de Dieu, et des Sacremens ([Genève] : [Jean Girard], 1548), in-8°, [54, 2 bl.]; 758, [2 bl.] pp. Traduction latine remaniée et largement augmentée : De origine, continuatione, usu, autoritate, atque præstantia Ministerii verbi Dei ([Genève] : Robert Estienne, 1554), in-2°, [10], [224] (numérotés 1-127, 127-141, 143-224) ff.