Viret se lance dans la polémique écrite dès son deuxième livre, avec 1542 De la différence. Dans cet ouvrage, il dénonce successivement les superstitions, l’idolâtrie, le culte de la Vierge et des Saints, etc. Comme nous l’avons déjà vu, il puisera des matériaux de ce livre pour composer plusieurs traités sur ces thèmes. Parmi ceux-ci, nous avons 1554 Des actes qui est une histoire ecclésiastique populaire dont l’objectif est de discréditer l’Église romaine. Pour lui, l’élément pourri sur lequel repose tout l’édifice est la messe.

Plusieurs des ouvrages de Viret sont liés aux circonstances du moment.

Alors que l’Église catholique romaine est en pleine discussion sur le dogme de l’Immaculée Conception de la Vierge Marie, Viret décide de combattre l’usage de l’Ave Maria, ce qu’il fait avec 1544 Petit traicte. Ledit dogme sera adopté par le Décret tridentin de 1546. Dans l’édition de 1556 Du vray usage salutation, le premier livre traite de l’invocation de Marie, le deuxième touche au rosaire et à la prière, le troisième se penche sur les origines des hérésies concernant la Vierge, et le dernier met en rapport le culte proposé par l’Église romaine avec celui que les païens offraient à leurs déesses.

En août 1550, Viret rencontre Pierre-Paul Vergerio, qui a écrit un livre annonçant la prochaine réouverture du Concile de Trente. Viret se décide alors d’écrire 1551 Du Devoir. Le Concile s’était réuni une première fois en décembre 1545 et avait contré les positions réformées en renforçant les catholiques romaines. Suite à la peste survenue à Trente en 1547 et à la volonté du pape de le déplacer à Bologne, le Concile fut suspendu et n’a pu reprendre que le premier mai 1551. Notons le synchronisme, en effet, l’épître introductive du livre de Viret date du 11 mai 1551.

Cette même année, dans 1551 De la source, Viret expose les différences principales entre les catholiques et les réformés, et critique vivement l’usage de la statuaire, des reliques et de la prière adressée aux Saints.

Viret consacre ensuite une série d’ouvrages sur la question des vœux, du sacrifice des enfants et de la chasteté. À l’origine, il pensait traiter ces questions au travers de quatre traités. Les deux premiers se retrouvent dans 1551 De la nature. La troisième partie est perdue, mais on la retrouve plus tard dans 1560 De la vraie. Quant à la quatrième, elle n’est jamais parue.

En 1553, dans De vero verbi Dei, Viret prétend exposer le vrai ministère de l’Église de Jésus-Christ et dénoncer le faux ministère de l’Église de l’Antéchrist. Il s’attaque aux sept sacrements de l’Église romaine en montrant quels sont les vrais et les faux sacrements, et ce qui leur a été ajouté par l’Église romaine.

Si la grande partie des ouvrages de polémique de Viret sont assez posés, avec un langage sérieux et des développements savants, il existe une branche très satyrique particulièrement avec la famille des Disputations (voir plus bas §4). La polémique trouvera son sommet plus tard, pendant la période lyonnaise, lorsqu’il sera aux prises avec les Jésuites (voir §8). Ajoutons que très souvent Viret essaye de démontrer que les rites catholiques romains trouvent leur source dans des pratiques païennes.

• 1544 Petit traicte = Pierre Viret, Petit traicte de la salutation angelique ([Genève] : [Jean Girard], 1544), in-8°, [44] ff. Réédité en 1545 : 76, [4 bl.] pp. Nouvelle édition en 1549, pas d’exemplaire connu. Edition augmentée, sous un nouveau titre : Du vray usage de la salutation faite par l’ange à la Vierge Marie, Reveu & augmenté ([Genève] : Jean Girard, 1556), in-8°, 175, [1 bl.] pp., reprend des matériaux de 1542 De la difference. Réédition en 1561 chez Jaques Bourgeois à Genève : In-8°, 174, [2 bl.] pp. Nouvelle édition en 1562 : Petit in-8°, 204, [4 bl.] pp.

• 1551 De la nature = Pierre Viret, De la nature et diversité des vœuz, & des loix qui en ont esté baillées de Dieu ([Genève] : [Jean Girard], 1551), in-8°, 193 (numérotées 1-128, 123-193), [1 bl.] pp. Deuxième partie du texte de 1551, parfois mentionnée séparément : Des vœuz de Jacob & de David, & des sacrifices pacifiques ([Genève] : [Jean Girard], 1551), in-8°, pas d’exemplaire connu. Troisième partie, perdue : [Du vœu de Jephté, de ceux David] ([Genève ?] : [Jean Girard ?], 1551). Quatrième partie, jamais publiée : [Du vœu des Nazariens, des autres vœuz des moynes & de leur moynerie] ([Manuscrit], 1551). Reprise partielle du texte de 1542 De la difference et édition Du vœu de Jephté : De la vraye et fausse religion, touchant les vœus & les sermens licites & illicites ([Genève] : Jean Rivery, 1560), in-8°, [16], 864, [35, 1 bl.] pp. Reprise en 1590 par Jean de Laon pour Vincent Ratoire des invendus de 1560 avec nouvelle page de titre.

• 1551 De la source = Pierre Viret, De la source & de la difference & convenance de la vieille & nouvelle idolatrie (Genève : Jean Girard, 1551), petit in-8°, 245, [1 bl., 1, 1 bl.] pp., reprise partielle de 1542 De la difference. Traduction latine : De origine veteris & novæ idolatriæ libri quinque (Genève : Jean Crespin, 1552), in-8°, 184 pp. Texte français revu et augmenté en 1559 chez Antoine Rebul : In-16°, 347, [5 bl.] pp. Un extrait du texte de 1551 se retrouve à la suite du traité de Henri Bullinger : La perfection des chrestiens (Genève : Jaques Berthet, 1557), in-16°, [10], 118 pp. Réédité en 1559, 1562 et 1563.

• 1551 Du devoir = Pierre Viret, Du devoir et du besoing qu’ont les hommes a s’enquerir de la volonté de Dieu par sa Parolle ([Genève] : [Jean Girard], 1551), in-8°, [33, 3 bl.], [208] (numérotées [1]-79, 90-113, 101, 111, 108-109, 114-115, 021, 121, 118-119, 116-117, 122-138, 138-152, 151, 153-167, 170-618 au lieu de 218) pp. Texte revu et augmenté dans 1556 Instruction. Texte repris dans 1559 Instruction. Nouvelle édition : Dialogues du combat des hommes contre leur propre salut, & contre le devoir & le besoin qu’ils ont de s’en enquerir par la parole de Dieu ([Genève] : Jean Rivery, 1561), in-8°, 552 pp. Texte revu et augmenté, intégré dans 1564 Instruction. Traduction anglaise du texte de 1556 : The firste parte of the Christian Instruction, and generall somme of the doctrine, conteyned in the holy Scriptures ((Londres) : (John Day), 1565), in-4°, [28], 191, [5], pp. Traduction néerlandaise du texte de 1556 : Roomsche Mysterien. Door W. S. Hier is noch by ghevœcht een Dialogus Petri Vireti, Van de Heylighe Inquisitie (Amsterdam : Ambroise Janszoon, 1604), in-8°, [4, 22], [138] (numérotés 1-42, 42-56, 58-114, 113-136) ff.

• 1554 Des actes = Pierre Viret, Des actes des vrais successeurs de Jesus Christ et de ses Apostres, & des apostats de l’eglise Papale (Genève : Jean Girard, 1554), in-8°, [37, 3 bl.], 864, [20, 1 bl., 1] pp., reprise de quelques passages de 1542 De la difference. On retrouve aussi des éléments d’un livre qu’il a probablement rédigé en collaboration avec Guillaume Farel : De la tressaincte cene de nostre seigneur Jesus ([Bâle ?] : [Thomas Wolff ?], [1532 ?]), in-16°, [95, 1 bl.] ff. Traduction italienne du texte de 1554 : De fatti de veri successori di Giesu Christo et de suoi apostoli ([Genève] : [?] pour Jean Louis Paschale, 1556), in-8°, [16], 735, [1 bl., 14] pp. Texte français revu et augmenté, divisé en deux parties : Des actes des apostres de Jésus Christ, et des apostats de l’Eglise ([Genève] : Étienne Anastase, 1559), in-8°, 971, [5 bl.] pp. Le second volume des Actes des Apostres de Jesus Christ, & des Apostats de l’Eglise ([Genève] : Etienne Anastase, 1561), in-8°, 832 pp. ? (ne sont conservées que les pp. 1-16 et 65-96). Les livres 9 et 10 de 1554 Des actes seront repris dans 1563 Les Cauteles (voir plus bas §8).

• 1553 De vero verbi Dei = Pierre Viret, De vero verbi Dei, sacramentorum, & Ecclesiæ ministerio ([Genève] : Robert Estienne, 1553), in-2°, [8], 136 ff. Traduction française des premiers livres de 1553 : Du vray ministere de la vraye Eglise de Jesus Christ, & des vrais Sacremens d’icelle (Genève : Jean Rivery, 1560), in-8°, [24], 500, [14] pp. Des extraits du texte de 1560 seront proposés à Lyon dans 1564 Le Manuel (voir plus bas §8). Traduction néerlandaise des deux premiers livres de 1560 : Twee Boecken. Vanden waren Dienst des Godtlicken Woordts, der Sacramenten ende der kerken ([Steenwijk] : [Herman ‘t Zangers], 1567), in-8°, [141, 3 bl.] pp. Reprise des invendus de 1567 avec premier cahier réimprimé : Van den waren wterlijcken dienst des Goddelijcken woorts, ende ghebruyck der heyligher Sacramenten (Amsterdam : Cornelis Claesz, 1582), in-8°, [141, 3 bl.] pp.