En 1559, à 48 ans, Viret connait l’exil et se refugie à Genève. À peine arrivé, on lui affecte un poste pastoral. Mais n’étant plus premier pasteur, Viret se trouve avec une charge pastorale allégée, par ailleurs ses problèmes de santé l’assignent souvent à domicile. Viret en profite pour écrire et rééditer de nombreux ouvrages. Cette période est donc très féconde.

Dès son arrivée, il écrit ouvertement sur la providence et prédestination, alors qu’à Lausanne la chose était impossible, les Bernois l’ayant interdit suite à une controverse. Le thème apparaît d’abord dans 1559 Brief sommaire, puis très longuement dans 1559 Familiere instruction. Viret utilisera les matériaux de cet ouvrage dans une édition en deux parties aujourd’hui perdue : 1560 Première partie et 1560 Seconde partie.

Cette même année 1559 sera riche en rebondissements. Henri II est encore plus intraitable à l’égard des protestants que ne l’était son père François I^er (voir plus haut §1). Malgré les édits de Châteaubriant en 1551 et de Compiègne en 1557, le 26 mai 1559, les protestants convoquent leur premier synode général des Églises de France, à Paris. Henri II y répond en signant l’Édit d’Écouen, le 2 juin. Il demande aux tribunaux de prononcer la peine de mort contre les hérétiques, ce qui provoque inévitablement une nouvelle vague de persécution.

C’est dans ce contexte que Viret réédite ses textes des années 1540, dans le but de soutenir ses coreligionnaires français : 1559 Epistre consolatoire et 1559 Traittez (qui reprend la quadrilogie 1547 Epistre envoyee, 1547 Admonition, 1547 Remonstrances et 1547 De la communication). À cette occasion, il publie 1559 Epistres aus fideles, qui est une suite de vingt-six épîtres, très courtes. Les sujets sont assez variés, mais elles concernent généralement la vie spirituelle et les combats du protestant qui vit en terre catholique.

Mais, le 10 juillet 1559, Henri II décède accidentellement, personne ne pouvait prévoir sa mort. Il laisse la France entre les mains de François II. La succession est mal assurée, la situation politique devient instable. Les protestants y voient un signe pour renforcer leur action. C’est dans cette perspective que Viret, à côté de son ministère pastoral, va s’engager sur quatre fronts :

- Encourager les protestants à vivre ouvertement leur foi. 

- Abattre les fondements de la foi catholique romaine.

- Ébranler le pouvoir du tyran.

- Consolider les communautés établies. 

Pour Viret, l’une des clefs du succès de la Réformation passe par le fait que les protestants exposent publiquement leur foi. C’est dans ce but qu’il reprend ses quatre traités antinicodémites de 1547, pour les rééditer sous 1559 Traittez.

Le principal pilier de la pratique catholique romaine est la messe, en le démantelant, Viret espère voir tout l’édifice s’effondrer. Dès ses premières années à Neuchâtel, Viret a soutenu ce combat contre la messe papale. On en a le témoignage par la préface et postface qu’il signe avec le pseudonyme Cephas Geranius, d’un livre d’Antoine Marcourt : Declaration de la Messe ([Neuchâtel] : [Pierre de Vingle], [1534 ?]), petit in-8°, [48] ff. Ce traité connaîtra plusieurs rééditions : 1542, 1544, 1551, 1553, 1559 et 1566. Traduit en anglais en 1547, réédité en 1548.

    Viret se remet donc au travail et publie au moins 3000 pages contre les cérémonies papistes. Il commence par entreprendre la révision de 1554 Des actes, cela débouchera sur deux forts volumes : 1559 Des actes et 1560 Le second volume. Ensuite, il traduit 1553 De vero verbi Dei et retravaille considérablement son texte pour que son in-folio devienne un octavo : 1560 Du vray ministere.

D’emblée, il faut dire que Viret n’avait pas la même conception que Calvin au sujet de l’obéissance aux autorités, et surtout, il en avait une tout autre expérience. Viret s’était opposé à la volonté des Bernois de vouloir tout contrôler. Il avait régulièrement vécu un bras de fer avec l’autorité civile. D’abord en 1559, dans la réédition d’un titre faisant partie de sa quadrilogie, le traité sur les Remonstrances, Viret s’adresse à la cour et aux nobles en leur proposant à la fois de ne faire aucune concession et de désobéir activement au nom de Dieu, et il les encourage eux aussi à vivre publiquement le culte protestant. On le voit même justifier une forme de résistance politique.

Au vu des événements de l’année suivante, Viret n’hésitera pas à critiquer ouvertement l’attitude tyrannique du gouvernement français. Viret n’est pas un révolutionnaire, mais relève les dysfonctionnements de la monarchie. Pour ce faire, il révise 1545 Dialogues du desordre en proposant 1561 Le monde à l’empire et 1561 Metamorphose (voir plus haut §5).

En vue de consolider les communautés établies, Viret poursuit ses rééditions. Il révise ses commentaires sur les textes fondateurs que sont le Symbole des Apôtres et l’Oraison dominicale, et propose des catéchismes (voir plus haut §2).

L’offre d’un ouvrage de catéchèse pour les familles a débuté en 1558, peu avant que Viret ne quitte Lausanne, avec le Sommaire et le Brief sommaire. Il avait en tête de proposer un enseignement progressif, des premières bases nécessaires au jeune enfant, jusqu’aux questions de l’adulte. Trois outils vont être mis à disposition de ses lecteurs :

- Un catéchisme qui s’adresse surtout aux pasteurs pour enseigner les bases de la foi chrétienne à leurs catéchumènes.

- Un sommaire qui résume l’essentiel de ce qu’il faut connaître quand on est chrétien.

- Et un sommaire abrégé, sous forme de question et réponse, qui peut servir aux pères de famille pour enseigner leurs enfants.

Viret avait commencé son catéchisme en 1559 avec sa Familiere instruction, mais, arrivé à la page 99, sur le conseil de quelques amis qui aimeraient connaître sa position sur la providence et la prédestination, il abandonne la suite de son projet pour une longue parenthèse de 860 pages sur le sujet. Après avoir été révisée l’année suivante, elle sera reprise à Lyon dans 1565 De la Providence (voir plus bas §8). Il faudra attendre 1561 pour qu’il reprenne son projet initial et termine son catéchisme.

• 1558 Brief sommaire = Pierre Viret, Brief sommaire de la doctrine chrestienne, fait en forme de dialogue (Lausanne : Jean Rivery, 1558), petit in-8°, [6], 46 pp. Texte revu et augmenté en 1559 : [6], 42 pp. ; en 1561 chez Rivery : [6], 42 pp. Nouvelle édition en 1561 avec un Sermon sur la Cene par Henri Bullinger : [6], 31, [1], 44 (numérotées 1-14 [pour 11], 14-44) pp. Réimprimé chez Jean Martin à Lyon en 1562 : In-16°, relié avec 1562 Exposition familiere Catechisme et 1562 Sommaire. Nouvelle impression la même année : Petit in-8°, relié avec 1562 Le sommaire. Nouvelle impression, relié avec 1564 Sommaire (Metz) : Brief recueil de la doctrine chrestienne, fait en forme de Dialogue (Metz : Jean d’Arras et Odinet Basset), 1564. La même année chez Éloi Gibier à Orléans : In-8°, [6], 39, [3 bl.] pp. Texte repris dans 1564 Instruction, traduit en anglais dans 1573 A Christian Instruction (voir plus bas §8).

• 1558 Sommaire = Pierre Viret, Sommaire des principaus poincts de la Foy & religion chrestienne, & des abus & erreurs contraires à iceus (Lausanne : Jean Rivery, 1558), petit in-8°, [24], 63, [1 bl.] pp. Revu et augmenté en 1559 chez Rivery : [24], 63, [1 bl.] pp. Réimprimé en 1561 chez Rivery : In-8°, [32], 63, [1 bl.] pp. Réimprimé chez Jean Martin à Lyon en 1562 : In-16°, relié avec 1562 Exposition familiere Catechisme et 1562 Brief Sommaire. Réimprimé la même année et relié avec 1562 Brief Sommaire : Le sommaire des principaux poincts de la foy & religion Chrestienne, reveu & augmenté, nouvellement imprimé ([s.l.] : [s.n.], 1562), petit in-8°, [26], [6], 123, [5 bl.] pp. Nouvelle impression, relié avec 1564 Brief recueil : Sommaire des principaux poincts de la Foy et Religion Chrestienne, Avec un recueil de la doctrine Chrestienne (Metz : Jean d’Arras et Odinet Basset, 1564), in-8°, [20], 95, [12, 1 bl.] pp. La même année chez Éloi Gibier à Orléans : In-8°, [24], 57, [6, 1 bl.] pp. Texte repris dans 1564 Instruction, traduit en anglais dans 1573 A Christian Instruction (voir plus bas §8).

• 1559 Epistres aus fideles = Pierre Viret, Epistres aus fideles, pour les instruire & les admonester & exhorter touchant leur office ([Genève] : Jean Rivery, 1559), in-8°, 318, [2] pp. Traduction néerlandaise perdue : Troostbrieven Petri Vereti (Leyde : [s.n.], 1587), in-8°.

• 1559 Familiere instruction = Pierre Viret, Familiere & ample instruction en la doctrine chrestienne, & principalement touchant la divine providence & predestination ([Genève] : [Jean Rivery], 1559), in-8°, [16], 960 pp. Nouvelle édition revue et augmentée en deux parties, perdue : Première partie de la familière instruction en la doctrine chrestienne, de la Providence divine (Genève : [Jean Rivery ?], 1560), in-8°. Et Seconde partie de la familière instruction en la doctrine chrestienne, de la Providence divine (Genève : [Jean Rivery ?], 1560), in-8°. On connaît la traduction allemande de la première partie : Der Erste theil, eines kurtzen und einfeltigen underrichts der Christlichen lehr, von der Göttlichen Vorsehung (Düsseldorf : Bernhardt Buyss, 1614), in-12°, [13, 3 bl.], 589, [26, 5 bl.] pp. Les deux parties, sans le premier chapitre, seront reprises dans 1565 De la Providence (voir plus bas §8). Le premier chapitre se retrouvera dans 1561 Exposition familiere Catechisme. Traduction néerlandaise du texte de 1559 : Ghemeyne ende klare Onderwijsinghe der Christelijcker Leere ((Delft) : (Jacob Cornelisz Vennekool), (1597)), in-8°, [16], 510, [2] pp. Reprise des invendus avec nouvelle préface de 24 pp. par Jan van Waesberghe à Rotterdam.

• 1559 Traittez = Pierre Viret, Traittez divers pour l’instruction des fideles, reveus et augmentez (Genève : Jean Rivery, 1559), in-8°, contient : “Epistre aus fideles, touchant leur conversation entre les papistes”, [8], 128 pp., 1558 De la communication, 270, [2] pp., 1559 Admonition, 98, [2] pp. et 1559 Remonstrances, 360 pp.

• 1561 Exposition familiere Catechisme = Pierre Viret, Exposition familiere des principaux poincts du catechisme ([Genève] : [Jaques Bourgeois], 1561), petit in-8°, 1-174, [1], 175, [12] ff. Comme on l’a vu ci-dessus, Viret réédite le début de 1559 Familiere instruction et 1560 Première partie et ajoute son développement du catéchisme, on en connaît le texte allemand : 1614 Der Erste theil. Nouvelle édition la même année chez Rivery : In-8°, [6], 429, [1 bl., 16] pp. Nouvelle impression chez Jean Martin à Lyon en 1562, reliée avec 1562 Brief Sommaire et 1562 Sommaire : In-16°, [415] (numérotées [1- 2], 3-255, 258-417), [1 bl., 29, 3 bl.] pp. Texte repris dans 1564 Instruction, traduit en anglais dans 1573 A Christian Instruction (voir plus bas §8).