Le premier texte connu de Viret s’adresse aux Vaudois de Provence qui ont subi une terrible persécution en 1539 : 1541 Epistre consolatoire. Le style est proche de la mystique, il s’agit presque uniquement d’une compilation de citations bibliques tellement elles sont nombreuses. 

Dans les années suivantes, les persécutions continuent. En mars 1543, le Roi ordonne l’application d’un arrêt datant de 1540. Viret retravaille son épître de 1541, et la publie dans un opuscule commun avec Calvin, 1543 Deux epistres ; puis il fait imprimer un nouveau titre, 1543 Epistre envoyee. Ce traité est dans la veine de l’épître de 1541. Viret offre à nouveau une approche assez mystique destinée aux fidèles obligés de rester en terre catholique. 

Par la suite, Viret rédige encore plusieurs traités pour conseiller les nouveaux convertis qui vivent sur le territoire français et qui sont confrontés à diverses difficultés. Ces traités paraissent en 1547, année où Henri II succède à François I^er. Son arrivée sur le trône est marquée par une nouvelle vague de persécutions. Il s’agit de 1547 Admonition, 1547 De la communication, 1547 Epistre envoyee et 1547 Remonstrances.

Dans l’environnement hostile des années 1540 et 1550, les protestants français ont trois possibilités : vivre leur foi ouvertement, s’exiler en terre protestante, en Suisse ou en Allemagne, ou bien se conformer aux pratiques catholiques romaines. Pour beaucoup de Français, cette dernière solution est la plus tentante. On parle alors de nicodémites, en référence à Nicodème qui vient trouver Jésus de nuit pour le questionner sans être vu pas ses confrères pharisiens. Il faut dire qu’après l’Édit de Fontainebleau du 1^er juin 1540, se distancer de l’orthodoxie catholique romaine peut engendrer bien des problèmes à celui qui s’y risque, cette première solution n’est pas très attractive. Partir en exil ne l’est pas beaucoup plus, car on sait ce qu’on perd, mais pas ce qui nous attend. Seuls les protestants les plus convaincus optent pour ces deux premières solutions. C’est probablement dans ce contexte qu’est rédigé le traité aujourd’hui perdu, 154? Instructions certaines. Il s’agit d’une épître adressée aux persécutés en danger de mort.

Finalement, en 1559, Viret proposera des éditions et compilations de ses principaux écrits, ainsi qu’un nouveau recueil de lettres dans le même style (voir plus bas §7).

• 1541 Epistre consolatoire = [Pierre Viret], Epistre consolatoire, envoyée aux fideles qui souffrent persecution ([Genève] : [Jean Girard], 1541), in-8°, [16] ff. Revu et corrigé en 1542. Revu et augmenté, intégré dans 1543 Deux epistres = Jean Calvin, Pierre Viret, Deux epistres. L’une [...] par M. J. Calvin. L’autre pour consoler les fideles qui souffrent [...] par M. P. Viret ([Genève] : [Jean Girard], 1543), in-8°, [67], [1 bl.] ff. Réimprimé en 1545. Revu et augmenté en 1559 : 78, [2 bl.] pp. Traduction libre et augmentée de Juan Pérez de Pineda : Epistola para consolar a los fieles de Jesu Christo, que padecen persecucion por la confession de su Nombre ([Genève] : [s.n.], 1560), in-16°, 224 pp. Traduction anglaise du texte de Pérez : An excelent comfort to all Christians against all kinde of calamities (Londres : Thomas East pour William Norton, 1576), in-8°, 167, [1 bl.] ff.

• 1543 Epistre envoyee = Pierre Viret, Epistre envoyee aux fideles conversans entre les Chrestiens Papistiques ([Genève] : [Jean Girard], 1543), in-8°, 138, [6 bl.] pp. Révisé en 1547 : 156, [4 bl.] pp. Texte revu et augmenté en 1559 chez Rivery et intégré dans 1559 Traittez. Traduction anglaise de l’édition de 1547 : An Epistle to the Faithfull, necessary for all the children of God (Londres : [Thomas Dawson] pour Tobie Smith, 1582), in-8°, [70, 2 bl.] ff. On notera qu’une sélection du texte de 1547 sera reprise dans : Le Temporiseur. Par Eutichius Myonius ((Londres) : (Etienne Mierdman), 1550), in-8°, f. 97r°. Texte réédité en 1556, 1558 et 1565 sous le titre : Les conseils et advis sur le faict des Temporiseurs.

• 1547 Admonition = Pierre Viret, Admonition et consolation aux fideles ([Genève] : [Jean Girard], 1547), petit in-8°, 110, [2 bl.] pp. Texte révisé et augmenté en 1559 chez Rivery : 98, [2 bl.] pp. ; intégré dans 1559 Traittez.

• 1547 De la communication = Pierre Viret, De la communication des fideles qui cognoissent la verité de l’Evangile, aux ceremonies des Papistes ([Genève] : [Jean Girard], 1547), petit in-8°, 204, [4 bl.] pp. Traduction latine, légèrement remaniée : De communicatione fidelium, quibus cognita est veritas Evangelii (Genève : Jean Crespin, 1551), in-8°, 175, [1 bl.] pp. Texte français révisé et augmenté en 1558 chez Rivery : 270, [2 bl.] pp. ; intégré dans 1559 Traittez. Réimprimé en 1560 : 259, [4, 1 bl.] pp. Des passages complets seront repris par Gabriel Du Préau : Des faux prophetes, seducteurs & hypochrites, qui viennent à nous en habit de brebis (Paris : Jaques Macé, 1563), in-8°, 164, [3, 1 bl.] ff. Réédité en 1564 et 1565.

• 1547 Remonstrances = Pierre Viret, Remonstrances aux fideles, qui conversent entre les Papistes (Genève : Jean Girard, 1547), in-8°, 350, [2 bl.] pp. Texte révisé et augmenté en 1559 chez Rivery : 360 pp. ; intégré dans 1559 Traittez.

• 154? Instructions certaines = Pierre Viret, Instructions certaines et consolations tirées des saintes écritures ([Genève ?] : [Jean Girard ?], [154?]), in-8° ?, 80 pp. ?, pas d’exemplaire connu. Traduction anglaise : A sweete consolation for all such as are afflicted and oppressed (Londres : Christopher Barker, 1580), in-8°, [84] ff.